По результатам ежегодного национального рейтинга университетов от «Интерфакса» в 2020 году Петрозаводский госуниверситет находится на 27-28-й позиции из 337. Годом ранее вуз занимал 28-ю строчку, а в 2018 году — 36-ю.
Также ПетрГУ стал первым в общем рейтинге опорных вузов и пятым среди университетов Северо-Западного федерального округа. Впереди только вузы Санкт-Петербурга.
Кроме того, университет занимает лидирующие позиции среди опорных вузов по следующим критериям: «Образование» — первое место, «Интернационализация» — первое место, «Инновации» — второе место, «Социализация» — третье место, «Бренд» — пятое место.